El Centro inició sus trabajos de recuperación y rehabilitación de animales en 1985, con unas instalaciones modestas en La Alfranca. Poco a poco, el trabajo fue incrementándose y a finales de la década de los 80 se trataban a una media de 200 animales al año.
Actualmente, ocupa aproximadamente 10.000 m2. El edificio principal dispone de quirófano, sala de necropsias, almacén congelador, laboratorio, sala de incubadoras y hacedoras, cocina, sala de rayos X, unidad de cuidados intensivos y generador de emergencia; además de parques de vuelo, jaulas para aislamiento y hospitalización.
A lo largo de estos 25 años, el Centro de Recuperación de la Fauna Silvestre de La Alfranca ha incrementado considerablemente el número de animales atendidos, debido a la implicación tanto de los Agentes de Protección de la Naturaleza como del Seprona y de los propios ciudadanos.
Las estadísticas del centro, que recogen datos desde 1994, indican que el número de ingresos ha crecido considerablemente. Desde ese año y hasta 2009, se han recibido 17.390 animales, de los que las rapaces suponen más del 60%. El 48% de estos ingresos son de animales vivos, de los que cerca del 50% son liberados y devueltos al medio natural después de recibir los tratamientos necesarios en el Centro para su recuperación.